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Categories:
- Biology
- Science
- Education
Description:
C: <p>SeaView reads and writes various file formats (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick)
of DNA and protein sequences and of phylogenetic trees. Alignments can be manually edited. It drives
the programs Muscle or Clustal Omega for multiple sequence alignment, and also allows one to use any
external alignment algorithm able to read and write FASTA-formatted files. It computes phylogenetic
trees by parsimony using PHYLIP's dnapars/protpars algorithm, by distance with NJ or BioNJ algorithms
on a variety of evolutionary distances, or by maximum likelihood using the program PhyML 3.0. SeaView
draws phylogenetic trees on screen or PostScript files, and allows one to download sequences from
EMBL/GenBank/UniProt using the Internet.</p>
de: <p>SeaView kann viele DNA- und Proteinsequenz-Dateiformate von phylogenetischen Bäumen Lesen und
Schreiben (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick). Ausrichtungen können händisch bearbeitet
werden. Für mehrfache Sequenzausrichtung benutzt es die Programme Muscle oder Clustal Omega und es
erlaubt Ihnen, jeden beliebigen externen Ausrichtungsalgorithmus zu benutzen, der FASTA-formatierte
Daten Lesen und Schreiben kann. Es berechnet phylogenetische Bäume nach Sparsamkeit mithilfe des PHYLIP-dnapars/prtopars-Algorithmuses,
nach Abstand über Variation der Evolutionsdistanz mit dem NJ- oder BioNJ-Algorithmus oder bei maximaler
Wahrscheinlichkeit mit dem Program PhyMl 3.0. SeaView zeichnet phylogenetische Bäume auf dem Bildschirm
mittes ProstScript- Dateien und erlaubt es Ihnen, Sequenzen aus EMBL/GenBank/UniProt über das Internet
herunterzuladen.</p>
en_GB: <p>SeaView reads and writes various file formats (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick)
of DNA and protein sequences and of phylogenetic trees. Alignments can be edited manually. It drives
the programs Muscle or Clustal Omega for multiple sequence alignment, and also allows one to use any
external alignment algorithm able to read and write FASTA-formatted files. It computes phylogenetic
trees by parsimony using PHYLIP's dnapars/protpars algorithm, by distance with NJ or BioNJ algorithms
on a variety of evolutionary distances, or by maximum likelihood using the program PhyML 3.0. SeaView
draws phylogenetic trees on screen or PostScript files, and allows one to download sequences from
EMBL/GenBank/UniProt using the Internet.</p>
fr: <p>SeaView lit et écrit divers formats de fichiers (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick)
d'ADN, de séquences protéiniques et d'arbres phylogénétiques. Les alignements peuvent être modifiés
manuellement. Il contrôle le programme Muscle ou Omega Clustal pour l'alignement de séquences multiples,
et permet également d'utiliser n'importe quel algorithme d'alignement externe capable de lire et écrire
des fichiers au format FASTA. Il calcule les arbres phylogénétiques par la parcimonie à l'aide des
algorithmes dnapars et protpars de PHYLIP, par la distance avec les algorithmes NJ ou BioNJ sur une
variété de distances évolutives, ou par maximum de vraisemblance en utilisant le programme PhyML 3.0.
SeaView dessine des arbres phylogénétiques à l'écran ou dans des fichiers PostScript, et permet de
télécharger des séquences de EMBL/GenBank/UniProt à l'aide d'Internet.</p>
sl: <p>SeaView bere in zapisuje v različne vrste datotek (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE,
Newick) zaporedij proteinov in DNA in filogenetskih dreves. Poravnave lahko ročno urejate. Poganja
programa Muscle ali Clustal Omega za poravnavno več zaporedij in omogoča tudi uporabo kateregakoli
algoritma poravnave, ki zna brati in pisati FASTA-oblikovane datoteke. Filogenetska drevesa izračuna
z uporabo alogritma PHYLIP-sovih dnaparov/proteinskihparov, po razdalji z algoritmoma NJ ali BioNJ,
s številnimi evolucijskimi razdaljami ali z največjo verjetnostjo s programom PhyML 3.0. SeaView filogenetska
drevesa izriše na zaslonu ali datotekah PostScript in omogoča prejem zaporedij iz EMBL/GenBank/UniProt
preko interneta.</p>
ID: seaview.desktop
Icon:
cached: seaview_seaview.png
Name:
C: SeaView
Package: seaview
Provides:
mimetypes:
- text/x-clustalw-alignment
Summary:
C: Edits multiple sequence alignments and prints them in PostScript format.
fr: Édite des aligmements multiples de séquences et les imprime au format PostScript.
pt_br: Edita múltiplos alinhamentos de seqüências e os imprimem em formato PostScript.
Type: desktop-app
